「忍者」という呼び方は、歴史小説家などが作品の中で使い始めたことで戦後に一般化された言葉。もとは地域や流派によりさまざまな呼び名がありました。有名なのは「伊賀者」「甲賀者」、ほか「透破（すっぱ）」「乱破（らっぱ）」「風魔」など。彼らを雇う大名が名づけたものもあります。特ダネなどをすっぱ抜く「すっぱ」の語源はこの「透破」から来ています。
　流派によって特徴もさまざま。そのルーツには正式に雇われた武士のほか、野武士や盗賊、修験道などがあげられることから、それぞれの得意分野を生かして活動をしていました。
　忍者の起源は日本古来のもの、大陸から伝わったものなどいくつかの説がありますが、日本最古の忍者の伝承として、聖徳太子が物部氏と争った時に活躍した大伴細人（おおとものさびと）という人物に「志能便（しのび）」という名前を授けたという逸話があります。